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La F.S.I. nasce nel maggio 1986 dal comune impegno di molti gruppi speleologici della provincia di Gorizia. L' intento è quello di scambiarsi esperienze ed organizzare attività comuni per conoscere e far conoscere la speleologia al vasto pubblico.
Oggi la Federazione Speleologica Isontina è composta anche anche da altri gruppi non esclusivamente speleologici, inseriti in attività di ricerca e studio dei vari aspetti geologici, paleontologici e ambientali con particolare riferimento al Carso ed ai fenomeni Carsici.