Nel 1948 si costituì a Monfalcone il Gruppo Speleologico Monfalconese dell'Associazione Nazionale del Fante con lo scopo del recupero delle salme dei caduti nelle foibe carsiche. 

Nacque negli anni '50 una crescente curiosità speleologica intesa come esplorazione delle moltissime cavità presenti sul nostro Carso. La vita del Gruppo si sviluppò nel tempo con l'adesione di molti altri neofiti, i quali si dedicarono all'esplorazione sistematica delle grotte, all'inizio privilegiando l'aspetto sportivo e successivamente sviluppando il lavoro di osservazione, ricerca e analisi delle cavità. In seguito, al nostro Gruppo si sono aggregate persone con formazione scientifica specifica, come laureati nei diversi campi delle Scienze della Terra, i quali hanno impresso nuovi indirizzi alle ricerche, promuovendo studi sulla situazione geologica, paleontologica e idrologica del Carso Monfalconese.

Nel 1974 si sentì l'esigenza di raccogliere i risultati degli studi in una pubblicazione edita dall'Associazione, il notiziario "Natura Nascosta". Anche le zone di studio e ricerca si allargarono e si cominciò a operare non solamente sul Carso ma anche in Puglia, Toscana, Friuli, Veneto, Slovenia, Croazia, Austria e Cecoslovacchia. In seno al Gruppo per volontà di alcuni soci si iniziò la raccolta di reperti paleontologici che  aumentarono con gli anni fino a permettere nel 1970 l'apertura di una prima mostra di fossili all'interno della Rocca di Monfalcone. La mostra veniva aperta al pubblico nei giorni festivi e il successo fu immediato sia tra la gente che fra le scuole che richiedevano con sempre maggior frequenza di fruire di visite guidate all'esposizione.

 Nuove esigenze ci fecero chiudere il Museo nel 1986 per permettere il rinnovo delle vetrine secondo criteri espositivi, più moderni elaborati e realizzati unicamente dai soci del Gruppo dopo attente ricerche e confronti con analoghe esperienze espositive. L'inaugurazione del nuovo allestimento avvenne nel novembre 1987.

Una nuova chiusura temporanea avvenne negli anni 2007/2008 per permettere il trasporto dei fossili nella nuova sede del Palazzotto Veneto di Monfalcone (non ancora inaugurato).

Dal 2009 nella Rocca di Monfalcone è allestita una mostra permanente di carattere speleologico. Comprende 13 vetrine, 6 griglie espositive e una ricostruzione ambientale. Essa tratta le tematiche delle rocce,della idrografia di un sistema carsico, delle concrezioni di grotta, della flora e della fauna ipogea, della storia della speleologia e delle attrezzature usate ieri e oggi in questa attività, delle tecniche di ricerca delle cavità sotterranee e dei ritrovamenti fossili nelle brecce ossifere.

Dal 1986, grazie all'intervento della Amministrazione Comunale, ci sono stati messi a disposizione alcuni locali in un edificio di sua proprietà, permettendo così al Gruppo di ottenere una sede decorosa con sala riunioni, magazzini e due laboratori, uno per la preparazione dei reperti fossili e uno per la preparazione di sezioni sottili per lo studio delle rocce.

Dal 1984 a oggi, nell'ambito dei programmi di divulgazione scientifica il personale si occupa anche di interventi didattici nelle scuole per lezioni di geologia, paleontologia, paletnologia e speleologia con il supporto di documentari appositamente allestiti. Viene svolta pure attività di visite guidate per le scolaresche sui principali fenomeni carsici, nelle grotte abitate anticamente dall'uomo e sui castellieri.

Attualmente il Gruppo è in contatto con diversi Istituti Universitari e Musei, sia italiani che stranieri, per ricerche, scavi e studi paleontologici e geologici.

Ulteriore attività del Gruppo è, dall’anno 2000, il rilevamento e l’accatastamento di opere ipogee (grotte) usate durante la prima guerra mondiale e opportunamente attrezzate agli usi bellici, nonché il rilevamento di tutte le trincee del Carso monfalconese. Il Gruppo è anche concessionario di un’area del “Parco tematico della Grande Guerra.”